Nesse ciclo começa o processo de transição para o Ensino Médio. É nesta fase que o aluno emprega os conhecimentos adquiridos até o 5º ano, e soma aos desafios que estão por vir. Os anos finais do Ensino Fundamental abrangem do 6º ao 9º ano. Este segmento, nomeado Ensino Fundamental II, representa uma transição entre duas etapas substanciais da trajetória estudantil, assegurando o aprofundamento de conteúdos explorados no Ensino Fundamental I, mediante especialização de saberes; bem como compartimentação dos objeto do conhecimento, e a preparação para o ingresso no Ensino Médio, abrindo portas para o mundo adulto, simulando os universos da Universidade e do Trabalho.

A SEFA pauta-se na Base Comum Curricular Parâmetros Curriculares, priorizando os eixos da ética, pluralidade cultural, meio ambiente, saúde, economia, trabalho e consumo, sempre visando à formação de cidadãos conscientes da relevância do respeito aos direitos humanos, participação social, tratamento de valores como conceitos reais, consideração da tarefa educativa como intervenção intencional no contemporâneo. As abordagens passam a ser ampliadas e mais segmentadas, com professores especializados em cada disciplina que auxiliarão os alunos com novas atividades e no desenvolvimento de habilidades.